ДНК баркодинг морских организмов с акцентом на амфипод: идентификация, пополнение баз данных

судно: НИС «Профессор Мультановский»
отряд: морской биологии
район исследований: Дальневосточные моря России
даты: август-сентябрь 2024 г.

Актуальность задачи: Появление метода ДНК баркодинга, или молекулярного штрихкодирования произвело революцию в исследованиях биоразнообразия органического мира, обеспечив сравнительно дешевую и точную идентификацию видов. ДНК баркодинг концептуально довольно прост, в нем используется короткий фрагмент ДНК определенного гена для идентификации того или иного образца при сравнении с библиотекой подобных ДНК баркодов. В качестве ДНК баркода для беспозвоночных животных обычно используется участок субъединицы I митохондриальной цитохром с оксидазы (COI) многоклеточных животных. Участок гена COI имеет сравнительно небольшую длину (658 п.н.) и оптимальный уровень полиморфизма среди беспозвоночных животных (около 1% в пределах вида и 3-10% между видами), а подобранные для него праймеры являются универсальными для широкого набора таксонов. ДНК баркодинг лежит в основе таких крупных исследовательских проектов, как глобальные базы данных по видовому разнообразию the Consortium for the Barcode of Life (CBOL, http://www.barcodeoflife.org/) и Barcode of Life Data Systems (BOLD, http://www.barcodinglife.org/) (Hebert, 2003a). Базы генетических данных по водным организмам находят все более широкое применение на практике, их используют также для изучения популяционной генетики, биоинвазий, в аквакультуре, экологическом мониторинге и т.д.
Цель нашего исследования - идентификация амфипод и отдельных таксонов зоопланктона Дальневосточных морей с применением ДНК баркодинга, а также пополнение генетического банка новыми последовательностями COI

Олеся Рутенко. Специализируюсь в области морской биологии и молекулярной систематики. Принимаю участие в проекте по изучению морского биоразнообразия Камчатки после вредоносного цветения водорослей.

Опубликованные работы по теме задачи:
https://orcid.org/0000-0001-7563-8621

Что предстоит делать:
1. Отбор донных осадков и проб зоопланктона
2. Промывка грунта
3. Фиксация и этикитирование таргетных групп морских организмов
4. Ведение журнала учета собранного материала
5. Написание рейсового отчета
6. Проведение молекулярно-генетическоих работ в лабораторных условиях на берегу (выделение ДНК, ПЦР, секвенирование, анализ)
7. Работа с генетическими базами данных
8. Филогенетический анализ
9. Написание итогового отчета, подгтовка публикаций.

Методы, приборы, ПО, с которыми предстоит работать:
Методы:
отбор и фиксация проб зообентоса и зоопланктона
выеделение ДНК, реакция ПЦР, секвенирование, анализ полученных результатов
Программное обеспечение:
MEGA 7, PartitionFinder-2.1.1 , MrBayes 3.2.7, R

Обязательные требования:
владение или знание методов молекулярного анализа
знание основных групп морских беспозвоночных
возможность выполнять тяжелую физическую нагрузку на свежем воздухе
крепкое здоровье
Необязательные требования: Желание много времени проводить на свежем морском воздухе невзирая на погодные условия
Специализация, уровень образования: биология, экология, бакалавры 2 курс и выше, магистры 1 курс

Необходимые документы: справка от врача о состоянии здоровья, флюорография

Финансирование: проезд и проживание покрываются организаторами