Поиск новых видов бактерий, относящихся к люминесцентной микрофлоре (микробиология)

судно: НИС «Профессор Молчанов»
отряд: гидробиологии
район исследований: Карское море, море Лаптевых
даты: июль-август 2024 г.

Актуальность задачи: Продолжается поиск и писание новых видов микроорганизмов как некультивируемых так и культивируемых форм. Пополнение знаний о природных микроорганизмах востребованы как биотехнологическими направлениями так и фундаментальной наукой. В рамках данной работы будет проведено исследование люминесцентной микрофлоры Арктики микробиологическими методами, определены изолированные клоны с точностью до вида при помощи масс-спектрометрических методов и секвенирования "house keeping" генов, проведен филогенический анализ с целью определения популяционных особенностей люминесцентной микробиоты и поиска новых видов.

Илья Манухов. Область интересов: молекулярная генетика, генетика бактерий, молекулярная биология, генетическая инженерия.
конкретные интересы: Люминесценция, шапероны, протеазы, антирестриктазы, метионин-γ-лиазы, регуляция транскрипции, «quorum sensing» (системы координированного действия бактерий), гомологичная рекомбинация, суперпродуценты клеточных метаболитов, суперпродуценты белков.

Опубликованные работы по теме задачи:
PLOS ONE (2020) 15(8): e0228525. doi: 10.1371/journal.pone.0228525. Kessenikh A, Gnuchikh E, Bazhenov S, Bermeshev M, Pevgov V, Samoilov V, Shorunov S, Maksimov A, Yaguzhinsky L, Manukhov I. Genotoxic effect of 2,2’-bis(bicyclo[2.2.1] heptane) on bacterial cells.

Что предстоит делать: Подготовка сред, чашек Петри. Добыча образцов (прежде всего рыбалка). Посев бактерий. Анализ способности к биолюминесценции. Расчистка клонов. Выделение тотальной ДНК. ПЦР и элюция фрагментов из геля. В Москве - масспектрометрический анализ, секвенирование и анализ последовательностей изолированных штаммов.

Методы, приборы, ПО, с которыми предстоит работать: Стандартные микробиологические и молекулярно-генетические приемы, измерение биолюминесценции. В Москве месс-спектрометрия и филогенетический анализ, возможно доделка ПЦР и секвенирования.

Обязательные требования: принципиальных нет.
Специализация, уровень образования: биолог, биофизик, бакалавры 2 курс и выше, магистры, аспиранты
Необязательные требования: желательно чтобы не было отвращения к рыбалке и сбору мелких морских живых объектов.

Финансирование: проезд и проживание покрываются организаторами

Дополнительные документы: не требуются