Программа «Плавучий университет» реализуется в рамках Десятилетия наук об океане ООН, входит в инициативу «Наука побеждать» Десятилетия науки и технологий РФ, проходит при поддержке Министерства науки и высшего образования в рамках реализации Национального проекта «Наука и университеты». Организацию осуществляет Координационный центр «Плавучий университет» на базе Московского физико-технического института.